海外勤務従業員の給与所得については基本的には現地で課税されることをお伝えしました。これはあくまでも従業員に対する税金の話です。

では次に給与の支払いを行う法人側の課税関係について考えてみます。

従業員を海外子会社に出向させた場合、その出向社員の給与はどちらが負担すべきでしょうか。出向元の日本企業でしょうか、それとも出向先の海外子会社でしょうか。
出向社員は基本的には出向先に勤務しており、出向先のために役務を提供しています。その役務から直接的に便益を受けるのは出向先企業です。したがって税務上は、原則的には出向先が負担すべきものと考えます。

ただし日本企業によくあるのは、出向社員の給与を出向元の日本企業が負担し、現地には負担させないというケースです。このような場合には、本来的には出向先の企業が負担すべきものを日本企業が肩代わりしているということで、日本企業側では損金が認められません（正確に言うと税務上の「国外関連者に対する寄附金」とされます）。海外勤務従業員がいる場合には、税務調査では指摘されやすい点ですので注意が必要です。

また、日本と現地との給与水準が異なることから、出向社員の給与について現地水準までの給与を出向先企業に負担させ、日本との較差分については日本企業が負担するというケースも見られます。これを給与の較差補てん金といいます。では給与較差補てん金は、日本企業側で損金として認めれられるでしょうか。対象となる海外勤務従業員は、日本側に勤務の実態がありません。ただし、通常の場合には出向社員と日本企業との間には雇用契約が継続しており、日本企業は労働条件を保証する必要があります。したがって給与の較差補てん金については、経費性があるものとして日本企業において給与扱いされ損金算入が認められます。
なお実務的には、現地と日本の給与水準を説明できる資料等を用意し、日本企業の負担について明確な説明をできるように備えておくことが望ましいです。
また、給与較差補てん金は出向先企業のローカル従業員との摩擦を生じさせる原因にもなりうるので、出向先企業を経由して支給するのではなく日本の銀行口座に振り込む等の工夫も望ましいです（なおこの場合には、出向社員の給与所得課税について日本払い分を忘れないように注意が必要です）。