昨日は従業員を海外勤務させる場合の税務について触れました。
出国後は税法上は非居住者扱いとなり、日本では国内源泉所得の範囲内で課税されることになります。

では、
出国後にボーナスを受け取る場合はどうでしょうか？
日本に一時帰国して勤務した場合はどうでしょうか？

出国後にボーナスを受け取る場合
従業員が1年以上の海外勤務のために出国した場合、税法上のステータスは出国後から非居住者となります。この従業員に対して日本の会社からボーナスが支給されました。これに対しては日本の所得税は課せられるでしょうか？
ボーナスは後払いの給与です。ボーナスの計算期間に日本で勤務した期間が含まれている場合にはその期間に対応する部分は国内源泉所得となります。したがって非居住者であっても日本での所得税の納税が必要となります。具体的には、日本での勤務期間に対応する金額に対して20.42％の税率で源泉徴収されることとなります。

日本に一時帰国して勤務した場合
海外勤務中の従業員（税法上は非居住者）が長期出張等のため一時帰国して日本で勤務した場合は、日本で所得税は課せられるでしょうか？なお、一時帰国したとはいえ、給与は海外勤務先から支払われています。
非居住者であっても日本での勤務に起因する給与は日本の所得税の対象となります。したがって上記と同様に20.42%の所得税が課せられます。ただし上のボーナスとは異なるのが、給与を支給するのは日本の会社ではなく海外の勤務先である点です。海外の会社からは源泉徴収はできません。そのため、このようなケースでは日本で確定申告が必要となります。手続き面を非常に簡単に書くと、準確定申告書と呼ばれる申告書を納税管理人を通じて税務署に提出することになります。

なおこの場合には、勤務先の国では「居住者」として取り扱われます。居住者に対しては全世界所得に対して課税されるのが通常です。つまり現地では、給与のうち日本に一時帰国して勤務した分も合わせて課税されることになります。したがって現地と日本の二重課税となってしまいます。これを解消するためには、現地の法律を確認し、たとえば外国税額控除制度を適用して申告するといった手続きが必要です。

非常に面倒な話です。ですので短期の一時帰国期間中の給与については、免税扱いとしてよいというルールが租税条約に定められています。